Sein Vater, der kurpfälzische Waffenschmied Georg Schwartzerd, stirbt bereits in dem Jahr 1507. Philipp zieht daraufhin mit seiner Großmutter nach Pforzheim, wo er die Lateinschule besucht.

Bereits ab 1509 (mit 12 Jahren) beginnt er ein Studium an der Universität Heidelberg und unterrichtet in der Folge als Privatdozent. In dem Jahre 1512 wechselt er nach Tübingen, dort schließt er 1514 sein Studium mit dem Magistertitel ab.
In Tübingen pflegt er einen engen Kontakt zu seinem Lehrer und Freund seiner Eltern, dem Humanisten Johannes Reuchlin, dessen Ideen ihn stark beeinflussen.

1519 erlangt er gemeinsam mit Johannes Agricola (1494-1566) den ersten theologischen Grad "baccalaureus biblicus".

Er schließt sich frühzeitig der Reformationsbewegung an und wird zu Martin Luthers engstem Mitarbeiter. Der positive Kontakt zu Luther entsteht bei Melanchthons Berufung als Professor für Griechisch und Hebräisch an die Wittenberger Universität durch Kurfürst Friedrich den Weisen nach der Empfehlung durch Johannes Reuchlin. Als Kenner des Griechischen und auch des Hebräischen ist er maßgeblich an Luthers Bibelübersetzung beteiligt.

Sein diplomatisches Wesen und Geschick, das Martin Luther etwa bei der Abfassung der "Augsburgisches Bekenntnis" ausdrückliche lobte, trägt mit zu dem Erfolg der Reformation bei. Er pflegt unter anderem freundschaftliche Beziehungen zum Humanisten Erasmus von Rotterdam und zu Johannes Calvin, dem Reformator Genfs, der nach Ulrich Zwingli zu dem wichtigsten Repräsentanten der reformierten Gemeinden, der schweizerischen Richtung der Reformation, wurde; eine Trennung der reformatorischen in lutherische und reformierte Kirchen hätte wohl vermieden werden können, wenn Melanchthon prägend geworden wäre.

Eine weitere Leistung Melanchthons ist die Organisierung eines neuen Schulmodells, das als Grundlage für unsere heutigen Schulen betrachtet werden kann. Er gründete u.a. 1526 eine Schule in Nürnberg, die bis heute existiert - das Melanchthon Gymnasium Nürnberg - und als das älteste Gymnasium in dem deutschsprachigen Raum gewertet werden kann.

Im April 1537 trifft Philipp Melanchthon in der Stadt Leipzig mit dem späteren Reformator Johannes á Lasco zusammen, der anschließend den Melanchthon-Schüler Albert Ritzaeus Hardenberg in Frankfurt am Main aufsucht und von diesem ihn nachhaltig beeinflusst wird.

• 1520/1521: "Loci communes" (Hauptpunkte) - Zusammenfassung reformatorischer Ideen und einflussreiche erste Dogmatik der evangelischen Kirche.
• 1530: "Augsburgisches Bekenntnis" und "Apologie des Augsburgischen Bekenntnisses". 1537: "Traktat über die Gewalt und den Primat des Papstes" (evangelisch-lutherische Bekenntnisschriften)
• zusätzlich :

  Theologische Schriften und Katechismen

  Grammatische Schriften

  Schulordnungen in dem Zuge der Umorganisation des sächsischen Schul- und Universitätswesens

Sein Todestag, der 19.04 ist zugleich sein evangelischer Gedenktag.